2026年9月24日国税システム更改｜e-Tax・申告書様式・電子通知の変更点を税理士が解説

今回の「国税システム」の更改は、税率や申告期限を変更する税制改正ではありません。

国税庁の基幹システム刷新に伴い、申告書等の様式や紙書類の読み取り方法、e-Taxによる通知方法などが変わります。

個人事業主や中小法人に関係が深い変更は、大きく6つあります。

① 申告書・申請書・届出書・法定調書等の様式変更
② 国税庁様式の「控用」の廃止
③ 閲覧・開示された申告書等への提出年月日の表示
④ 納税証明書等で使用される漢字の取扱い変更
⑤ e-Taxによる処分通知等の電子交付対象拡大
⑥ 電子交付への同意を「申請等の都度」から「事前の一括同意」へ変更

です。

紙で提出される申告書、申請書、届出書などについて、AI-OCRで読み取りやすいレイアウトへの変更が進められます。

従来のOCRから、AI-OCRによる読取り・データ化へ移行することが背景です。

e-Taxの開発者向け情報では、2026年9月2日時点で、AI-OCR化対象となる全1,936帳票分の確定版レイアウトが公表されたとされています。

ただし、単に枠の位置やデザインだけが変わるとは限りません。

国税庁も「様式の内容自体が変更されている場合がある」と案内しています。

そのため、紙で提出するときは、過去に保存していたPDFを使い回すのではなく、その時点の国税庁ホームページ等から最新様式を取得するのが安全です。

そうとは限りません。

帳票によって切替時期が異なります。

例えば、給与所得の源泉徴収票、退職所得の源泉徴収票、報酬・料金等の支払調書など、税務署へ提出する一部の法定調書については、すでに2026年8月から新しい書面様式へ切り替わっています。

したがって、「すべて9月24日から変わる」と一律に考えないことが重要です。

旧様式を使っただけで、当然に受付拒否されるという取扱いではありません。

国税庁は、例えば税務ソフトから最新様式を出力できない場合について、「その様式でも提出はできます」と案内しています。

ただし、ここは注意が必要です。

「旧様式でも受理されることがある」ということと、「旧様式を使ってよい」ということは別です。

様式の内容自体に変更がある場合は、旧様式では必要項目が不足し、補正が必要になる可能性があります。

したがって、原則として最新様式を使用してください。

国税庁は、書面提出について、A4の普通紙、黒色での印刷、プリンターから直接印刷したものを使用するよう案内しています。

印字ずれ、かすれを避け、穴あけやのり付けをせず、複数枚の場合はクリップ等でまとめる方法が推奨されています。

AI-OCRで読み取ることを前提とした運用になるため、印刷品質も以前より意識しておいた方がよいでしょう。

違います。

「控用」の廃止は、国税庁が配布する申告書等の様式から「控用」がなくなるという意味です。

納税者側で申告書の控えを保存しなくてよいという意味ではありません。

そもそも税務署では、2025年1月から、紙で提出した申告書等の控えへの収受日付印の押印を廃止しています。

紙で提出する場合は、提出前にPDF保存やコピーをして、自社で控えを残してください。

郵送の場合は、発送日や追跡番号なども一緒に管理しておくと安全です。

2026年9月24日以後、申告書等閲覧サービスや開示請求などで取得する申告書等について、ヘッダー部分に「提出年月日」がシステム上表示されるようになります。

国税庁の見本では、受付番号もヘッダーに表示されています。

ただし、これは昔のように税務署が控えへ収受日付印を押してくれる制度が復活するという意味ではありません。

提出後に閲覧や開示を行った場合に、システム上の提出年月日を確認しやすくなるという変更です。

国税システム更改後、税務署から発送される文書や納税証明書等で使用される漢字・記号について、JIS X 0213の第1水準から第4水準までの文字を基本とする運用になります。

その範囲で表示できない一部の文字については、字形が置き換わったり、手書き表示になる場合があります。

一方、納税者が申告書や届出書を提出するときは、引き続き旧字体などを使用できます。

この変更のために、戸籍上の氏名を変更するといった対応は必要ありません。

はい。

2026年9月24日以後は、e-Taxで電子交付できる処分通知等の対象が大幅に拡大します。

従来は、国税庁長官が定めた通知を個別に電子交付の対象とする仕組みでした。

新しい制度では、法令に基づいて税務署長等が行う処分通知等を、より広く電子交付の対象とする仕組みに変わります。

これに対応して、従来の電子交付対象を個別列挙していた国税庁告示も廃止される予定です。

ここは今回の変更で特に注意が必要です。

原則として、2026年9月24日以後も電子交付を希望する場合は、e-Tax上で「電子で受け取る」という一括同意の設定を確認する必要があります。

従来は、確定申告や申請を行うたびに「この通知を電子交付で受け取る」と選択する方式が中心でした。

9月24日以後は、あらかじめe-Taxマイページ等で、通知書等の受領方法を「電子（e-Tax）」に設定する方式へ変わります。

したがって、現在電子通知を利用している方も、従来の設定だけをそのまま信用せず、9月24日以後に受領方法を確認してください。

すべてではありません。

例外があります。

例えば、国税還付金振込通知書は、今後も申告や申請ごとの同意による方式が残ります。

電子申請等証明書や納税証明書は、電子交付そのものを請求する手続なので、一括同意は不要です。

また、2026年9月23日までの申告・申請ですでに電子交付へ同意している住宅借入金等特別控除証明書や、一定の適格請求書発行事業者の登録通知書については、従前の同意が引き継がれる場合があります。

したがって、「全員がすべて再設定」と考えるのも正確ではありません。

それも違います。

電子受領を選択していても、通知の種類や状況によっては書面で郵送されるものがあります。

したがって、「電子を選んだから郵便はもう確認しなくてよい」とは考えないでください。

e-Taxのメッセージボックスと、郵送物の両方を確認する必要があります。

税理士が申告書を代理送信していることと、税務署からの通知を税理士が電子で代理受領することは別です。

税理士が電子通知を代理受領するには、原則としてe-Taxで提出する税務代理権限証書に、対象税目、年分、通知の種類などを設定する必要があります。

更正通知、一定の加算税通知、予定納税通知、予定納税額の減額通知、インボイス登録通知などが代理受領の対象として案内されています。

したがって、9月24日前後は、

納税者本人の「電子受領設定」

と

税理士側の「代理受領設定」

を分けて確認する必要があります。

市販の会計・税務ソフトを利用している場合は、9月24日の国税システム更改に対応したバージョンへ更新してから送信するのが基本です。

e-Tax側も、国税システム更改に対応する仕様へ更新されます。

特に9月下旬に申告や届出を予定している会社は、利用している税務ソフトの対応日程を確認しておいてください。

あります。

国税システム更改作業のため、2026年9月19日0時から9月24日8時30分まで、e-Taxが利用できない予定です。

さらに、9月26日も終日利用停止予定です。

9月下旬に申告、申請、届出の期限を迎える手続がある場合は、停止期間の直前まで送信を残さないようにしてください。

実務上は、次の対応をしておけばよいでしょう。

紙で税務署へ提出する方は、最新様式を使用する。

申告書等の控えは、自社でPDFまたはコピーを保存する。

市販の税務ソフトを利用している場合は、9月24日対応版へ更新する。

e-Taxで通知を受け取っている方は、9月24日以後にマイページの受領方法を確認する。

税理士へ依頼している場合は、本人の電子受領設定とは別に、税理士側の代理受領設定も確認する。

そして、9月19日から24日朝までと、9月26日のe-Tax停止期間を避けて手続を行う。

この6点を押さえておけば、今回のシステム更改による実務上のトラブルはかなり防げます。