消費税の還付が遅い理由は？還付保留・追加資料・税務調査を税理士が解説

還付が遅いからといって、直ちに申告内容に問題があるとは限りません。

消費税の還付申告では、税務署が申告内容や添付資料などを確認し、追加確認が必要と判断した場合には、還付金の支払をいったん保留することがあります。

特に、設備投資などによって通常より大きな還付額になっている場合は、取引の実在性や取得時期、金額、事業用途などを詳しく確認されることがあります。

はい。

消費税法第52条第1項では、申告書に控除不足額が記載されている場合、税務署長はその不足額に相当する消費税を還付すると定めています。

ただし、「申告書を提出してから何日以内に必ず支払う」という一律の支払期限が定められているわけではありません。

そのため、税務署が申告内容の確認を必要と判断した場合には、確認が終わるまで還付が保留されることがあります。

高額還付だから必ず調査になる、というわけではありません。

また、「還付額が○万円以上なら必ず調査する」といった一律の金額基準も、公表されているものは確認できません。

ただし、例えば次のような場合は、税務署として確認すべき事項が増えるため、還付審査が深くなる可能性があります。

・通常の事業規模に比べて設備投資額が大きい
・課税期間の終了直前に高額設備を取得している
・新設法人や新規事業で、過去の申告実績が少ない
・取引先との関係や資金の流れが分かりにくい
・請求額、帳簿計上額、支払額が一致していない
・設備の取得時期や引渡時期が不明確
・多額の未払金が残っている
・取引先と連絡が取れない
・設備の現物や設置状況を確認しにくい

これらは機械的な調査選定基準ではありませんが、実務上、確認事項が増えやすいポイントです。

請求書は重要ですが、高額な設備投資では、それだけで確認が終わるとは限りません。

税務署が確認したいのは、主に次のような一連の事実関係です。

「本当にその設備を取得したのか」

「その課税期間中に引渡しを受けたのか」

「請求書に記載された金額で実際に取引したのか」

「法人の事業に使用する設備なのか」

「代金の支払いは実際に行われているのか」

そのため、契約から取得、支払い、会計処理までを一連の資料で説明できる状態にしておくことが重要です。

当事務所で設備投資型の還付申告を確認する場合は、契約、納品・検収、請求、支払、会計計上、固定資産台帳、消費税申告までが一本につながるように資料を整理します。

主に、次のような資料を準備しておくと説明しやすくなります。

必ずしもそうではありません。

設備などの資産を取得した場合、消費税法基本通達11－3－1では、原則として資産の譲受けをした日が課税仕入れを行った日になります。

つまり、契約日や請求書発行日、支払日だけで判断するのではなく、実際の引渡日、納品日、検収状況などが重要です。

割賦購入の場合についても、消費税法基本通達11－3－2では、原則として資産の引渡し等を受けた日が課税仕入れの日になります。

銀行振込資料は非常に重要ですが、「お金を払った日＝仕入税額控除の日」という意味ではありません。

還付申告では、「消費税の還付申告に関する明細書」の内容も重要です。

法人用の還付申告明細書では、還付理由のほか、主な課税売上や仕入れ、固定資産の取得状況などを記載します。

特に、1件100万円以上の主な固定資産については、取得年月日、金額、取引先、登録番号などを記載する構成になっています。

この明細書と、総勘定元帳、固定資産台帳、請求書、支払資料の金額がきれいに一致しているかは、あらかじめ確認しておくべきです。

必ずしも税務調査とは限りません。

実務上は、大きく次の3段階で考えると分かりやすいです。

通常の還付審査

行政指導としての電話・書面照会

国税通則法に基づく正式な税務調査

税務署から連絡があった場合は、まず、

「今回のご連絡は、行政指導による還付内容の確認でしょうか。それとも国税通則法に基づく税務調査でしょうか」

と確認してください。

国税庁も、行政指導と税務調査は区別して取り扱うことを公表しています。

国税通則法第74条の2により、税務職員は消費税の調査について、納税者に質問し、帳簿書類その他の物件を検査したり、提示や提出を求めたりすることができます。

必要があれば、取引先側へ取引内容を確認する、いわゆる反面確認につながることもあります。

そのため、

契約書では1000万円

請求書でも1000万円

帳簿も1000万円

銀行振込も1000万円

固定資産台帳も1000万円

実際の設備も存在している

というように、一連の資料が整合していることが重要です。

実地調査の場合、原則として国税通則法第74条の9に基づき、調査日時、場所、目的、税目、対象期間、対象帳簿などについて事前通知があります。

ただし、証拠隠滅など調査の適正な遂行に支障が生じるおそれがある一定の場合には、国税通則法第74条の10により、事前通知を行わずに調査することもあります。

調査終了時には、国税通則法第74条の11に基づき、問題がなければその旨の通知、問題がある場合には調査結果の説明などが行われます。

取引内容の確認に時間がかかれば、還付確認も長期化することがあります。

国税庁も、消費税還付申告の確認において、

取引先と連絡が取れない

金銭の授受を確認できない

証拠書類が十分ではない

といった場合に、確認に時間を要することがあると公表しています。

特に高額設備の場合は、納税者側の資料だけでなく、取引先への確認まで行われると、どうしても時間がかかることがあります。

適格請求書の保存は重要ですが、それだけで全ての確認が終わるわけではありません。

消費税法第30条では、原則として仕入税額控除を受けるために、一定事項を記載した帳簿と請求書等の保存が必要です。

ただし、税務署が還付の適否を確認する場合には、その請求書に記載された取引が本当に行われたのかも確認します。

そのため、

契約書

納品書

検収書

支払資料

設備写真

固定資産台帳

なども重要になります。

基本的な考え方は同じですが、建物の場合は追加で確認すべき論点があります。

例えば、

土地と建物の金額区分

建築工事の内訳

課税売上に使うのか

非課税売上に使うのか

居住用賃貸建物に該当しないか

課税売上割合や用途区分が適切か

といった点です。

特に居住用賃貸建物については、仕入税額控除が制限される制度があるため、高額な不動産取得では慎重な確認が必要です。

資料を小出しにするよりも、取引の流れが一目で分かる形に整理した方が説明しやすくなります。

当事務所では、

契約

発注

納品・検収

請求

会計計上

支払

固定資産台帳

消費税申告

という流れを一本の証拠関係として整理します。

税務署が知りたいのは、「本当にその設備を、その時期に、その金額で取得し、事業に使用しているのか」という点だからです。