源泉所得税の納期の特例とは？小さい会社の年2回納付を税理士が解説

源泉所得税の納期の特例とは、給与の支給人員が常時10人未満の会社などが、税務署へ申請して承認を受けることで、一定の源泉所得税を年2回にまとめて納付できる制度です。

通常は、給与から天引きした源泉所得税を翌月10日までに納付します。

しかし、納期の特例を受けると、1月から6月に源泉徴収した対象税額を7月10日まで、7月から12月に源泉徴収した対象税額を翌年1月20日までにまとめて納付できます。

いいえ。自動的にはなりません。

納期の特例を使うには、税務署へ「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」を提出する必要があります。

会社の規模が小さく、給与を受ける人が常時10人未満であっても、申請をしていなければ、原則どおり翌月10日までの毎月納付です。

資本金や売上高ではなく、給与等の支払を受ける人数で判定します。

社長1人だけの会社、社長と従業員3名の会社などは、通常は「給与の支給人員が常時10人未満」という要件を満たし得ます。

ただし、「常時10人未満」は、ある一瞬だけ9人以下かどうかではありません。平常の状態で、給与の支払を受ける人数が10人未満かどうかで判断します。

たとえば、通常は8人で、繁忙期だけ一時的に12人になるような場合は、常時10人未満として扱える場合があります。

一方で、日雇いや臨時従業員を日常的に雇い入れており、平常時には合計10人以上になる場合は、固定社員が9人以下でも要件を満たさない可能性があります。

そこは誤解しやすいところです。

納期の特例は、源泉徴収を半年に1回だけすればよい制度ではありません。

毎月給与を支払う場合は、その給与支給時に通常どおり源泉所得税及び復興特別所得税を計算し、給与から天引きします。

変わるのは、天引きした税金を税務署へ納付する時期です。

つまり、1月から6月までの給与については、毎月源泉徴収を行い、会社が預かった源泉税を7月10日までにまとめて納付します。

7月から12月分については、翌年1月20日までにまとめて納付します。

主な対象は、給与と退職手当に係る源泉所得税です。

これに加えて、税理士、弁護士、司法書士、社会保険労務士、弁理士、建築士、不動産鑑定士など、一定の専門家報酬に係る源泉所得税も、納期の特例の対象になります。

たとえば、会社が個人の税理士へ顧問料を支払い、源泉徴収をしている場合、その源泉税も納期の特例の対象にできます。

ここは注意が必要です。

納期の特例の対象になる専門家報酬は、所得税法204条1項2号に掲げる一定の報酬です。

一方、原稿料や講演料など、同じ源泉徴収対象の報酬であっても、すべてが納期の特例の対象になるわけではありません。

給与、退職手当、一定の士業報酬など、半年納付にできるものと、原則どおり翌月10日までに納付すべきものを区分して管理する必要があります。

原則として、申請書を提出した月の翌月に支払う給与等から特例が適用されます。

たとえば、2026年8月20日に申請した場合、原則として、9月に支払う給与から源泉徴収した税額について納期の特例を適用します。

この場合、9月から12月に源泉徴収した対象税額は、2027年1月20日までにまとめて納付します。

一方、8月に支給した給与から源泉徴収した税額は、原則どおり9月10日までに納付する必要があります。

「申請したから、その月の給与分からすぐ半年納付でよい」と考えると、納付漏れにつながります。

給与の支給人員が常時10人未満でなくなった場合は、「源泉所得税の納期の特例の要件に該当しなくなったことの届出書」を提出し、毎月納付に戻る必要があります。

一時的な増加なのか、平常時に10人以上になったのかで判断は変わりますが、恒常的に10人以上になっている場合は、納期の特例を使い続けることはできません。

人数が増えてきた会社は、給与計算と源泉所得税の納付スケジュールを早めに見直す必要があります。

毎月納付しなくてよくなるため、事務負担は大きく減ります。

ただし、半年分をまとめて納付するため、7月10日と翌年1月20日の納付額は大きくなります。

会社は、給与から天引きした源泉所得税を従業員や役員から預かっている立場です。

その預り金を運転資金として使ってしまうと、納付時に資金が足りなくなる危険があります。

納期の特例を使う場合でも、毎月の給与計算時に源泉所得税を計算し、預り金として管理しておくことが重要です。

納付期限に遅れると、不納付加算税や延滞税の対象になる可能性があります。

源泉所得税を期限までに納めなかった場合、原則として不納付加算税は10％です。

ただし、税務署から指摘を受ける前に自主的に納付した一定の場合には、5％となります。

また、納付が遅れれば延滞税も問題になります。

納期の特例は、納付回数を減らせる便利な制度ですが、期限管理が緩くなる制度ではありません。

社長1人の会社や、数人規模の小規模会社であれば、通常は利用メリットが大きい制度です。

毎月10日に源泉所得税を納付する事務を、原則として年2回に減らせるためです。

設立時には、「給与支払事務所等の開設届出書」とあわせて、納期の特例の申請書を提出しておくことが多いです。

ただし、申請前の給与分、対象外の報酬、人数要件、納付期限の管理には注意してください。