確定申告を何年もしていないとどうなる？期限後申告・罰則を税理士が解説

はい。今からでも申告することは可能です。

申告期限を過ぎてから確定申告書を提出することを「期限後申告」といいます。

国税通則法第18条では、法定申告期限までに申告書を提出しなかった場合でも、税務署長による決定が行われる前であれば、原則として期限後申告書を提出できると定めています。

今回のように2023年から事業を開始し、一度も確定申告をしていない場合には、まず次の年分を確認します。

• 2023年（令和5年）分
• 2024年（令和6年）分
• 2025年（令和7年）分

それぞれの年について、確定申告義務があったかどうかを判定します。

申告義務があった年分は、その年に適用される税制に従って申告書を作成し、期限後申告を行います。

なお、3年分を1枚の申告書にまとめるわけではありません。

2023年分、2024年分、2025年分の申告書を、それぞれ作成して提出することになります。

売上高だけでは判断できません。

所得税の確定申告では、「売上」と「所得」を区別する必要があります。

個人事業主の事業所得は、基本的に次のように計算します。

事業所得 ＝ 総収入金額 − 必要経費

例えば、年間売上が250万円の場合です。

ケース① 必要経費が200万円

売上250万円 − 必要経費200万円

＝事業所得50万円

ケース② 必要経費が100万円

売上250万円 − 必要経費100万円

＝事業所得150万円

売上は同じ250万円ですが、事業所得は大きく異なります。

さらに、所得税の計算では、事業所得などの所得金額を計算した後、基礎控除、社会保険料控除、扶養控除などの所得控除を差し引きます。

その結果を基に税額を計算し、税額控除や源泉徴収税額なども確認します。

したがって、売上があるからといって必ず確定申告義務があるわけではありません。

反対に、売上が少なくても、必要経費が少なく所得が多い場合には、申告が必要になる可能性があります。

また、会社員の副業などについて認められる「20万円以下なら所得税の確定申告を省略できる場合がある」という取扱いを、すべての個人事業主に当てはめることはできません。

ご自身の所得の種類、給与所得の有無、所得控除などを確認する必要があります。

過去分の確定申告では、それぞれの年分に適用される税制を使用します。

特に注意したいのが、所得税の基礎控除です。

2023年分と2024年分では、合計所得金額2,400万円以下の方の基礎控除は原則48万円でした。

一方、2025年分は税制改正によって基礎控除が引き上げられています。

例えば、2025年分の合計所得金額が132万円以下であれば、基礎控除は95万円です。

そのため、同じ事業所得であっても、2023年分と2025年分では所得税額が異なる場合があります。

例えば、次の条件を仮定します。

• 事業所得：90万円
• 社会保険料控除：30万円
• その他の所得・所得控除・税額控除なし
• 青色申告特別控除なし

2023年分であれば、

事業所得90万円 − 社会保険料控除30万円 − 基礎控除48万円

＝課税所得12万円

となります。

一方、2025年分であれば、合計所得金額が132万円以下なので、

事業所得90万円 − 社会保険料控除30万円 − 基礎控除95万円

となり、課税所得は0円です。

このように、事業所得が同じでも、年分によって所得税が発生するかどうかが変わる場合があります。

もちろん、実際には源泉徴収税額、他の所得、配偶者や扶養親族の状況なども確認する必要があります。

過去3年分を申告する場合には、現在の控除額をすべての年に当てはめるのではなく、各年分の税制で計算することが重要です。

「無申告なら必ず過去5年分を申告する」という意味ではありません。

まず、実際に事業を行っていた期間を確認します。

今回、2023年から初めて事業を開始したのであれば、基本的には2023年分から確認することになります。

2022年以前に事業収入がなかったのであれば、事業所得について2022年以前の申告書を作成する必要は通常ありません。

一方、実際には2022年以前から事業を行っていた場合には、その年分も確認する必要があります。

ここでいう5年という数字は、主に税務署が申告内容について更正・決定できる期間制限に関係します。

国税通則法第70条では、所得税の更正・決定について、原則として法定申告期限から5年間の期間制限が定められています。

ただし、偽りその他不正の行為によって税額を免れた場合などには、原則として7年間となる特例があります。

また、申告書の提出自体の取扱いや、還付申告ができる期間などは、別途確認が必要です。

重要なのは、年数だけで機械的に判断するのではなく、実際の収入、申告義務、申告期限、税務署による処分の有無などを確認することです。

2023年から事業を始めたという今回の条件であれば、まず2023年・2024年・2025年の3年分について確認を進めることになります。

2026年11月10日時点では、次のようになります。

• 2023年分：2024年3月15日が申告期限
• 2024年分：2025年3月17日が申告期限
• 2025年分：2026年3月16日が申告期限
• 2026年分：2027年3月15日が申告期限

2024年分と2025年分は、通常の3月15日が土曜日・日曜日に当たるため、期限が翌営業日になっています。

2026年分については、2026年11月現在、まだ確定申告期限前です。

そのため、2023年から2025年までの申告義務がある年分については期限後申告を行い、2026年分については、2027年3月15日までに期限内申告を行うことになります。

なお、2026年分から青色申告を適用できるかどうかは、青色申告の承認状況によって異なります。

帳簿が作成されていない場合でも、残っている資料をもとに取引を整理し、所得を計算することは可能です。

ただし、収入や経費を根拠なく推測して申告することは避けなければなりません。

まずは、実際の取引を確認できる資料を集めることが重要です。

① 売上を確認する資料

• 銀行口座の入出金明細
• 取引先へ発行した請求書
• 取引先から受け取った支払明細書
• 売上台帳や受注管理データ
• 現金売上の記録
• キャッシュレス決済サービスの取引履歴
• 未入金の売掛金に関する資料

特に、銀行口座への入金額がすべて売上とは限りません。

借入金や事業主本人による資金移動など、売上に該当しない入金を区別する必要があります。

また、2023年中に仕事を完了して2024年に代金を受け取った場合などは、売上の計上年分にも注意が必要です。

原則として、入金日だけで売上を判断するのではなく、取引内容に応じた収入計上時期を確認します。

② 必要経費を確認する資料

• 領収書・レシート
• 仕入先からの請求書
• クレジットカード利用明細
• 銀行振込明細
• 賃貸借契約書
• 通信費・水道光熱費の明細
• 交通費の利用履歴
• 車両やパソコンなどの購入資料
• 在庫・棚卸資産に関する資料

例えば、クレジットカード明細に店舗名と支払金額が残っていれば、支出の存在を確認する手掛かりになります。

ただし、それだけで業務上の経費に該当することまで確定するわけではありません。

購入内容が分からない場合には、注文履歴、請求書、取引先への照会など、ほかの資料と照合する必要があります。

また、私用と事業用が混在する家賃、通信費、車両費などは、合理的な事業使用割合に基づいて家事按分を検討します。

領収書がないという理由だけで必ず経費が否認されるわけではありませんが、経費の存在や業務との関連性を説明できる客観資料が重要です。

過去の帳簿がない場合は、まず売上の網羅性を確認し、その後、根拠資料を確認できる経費を整理する方法が実務的です。

確定申告義務があったにもかかわらず申告していなかった場合、主に次の税金を確認します。

• 本来納めるべき所得税・復興特別所得税
• 無申告加算税
• 延滞税

無申告加算税は、申告期限までに申告書を提出しなかった場合に課されることがある附帯税です。

一方、延滞税は、税金を法定納期限までに納めなかった期間に応じて計算されます。

この2つは別のものです。

また、無申告加算税の割合は、いつ期限後申告を行ったかによって異なります。

例えば、税務署から税務調査の事前通知を受ける前に、自主的に期限後申告を行った場合には、無申告加算税は原則として5％となります。

そのため、申告していなかった期間が3年あるからといって、必ず高額なペナルティが発生するわけではありません。

各年分の納付税額や、申告したタイミングによって結果が変わります。

税務調査の事前通知を受ける前に自主的に期限後申告を行った場合、無申告加算税は原則として納付すべき税額の5％です。

例えば、ある年分の期限後申告によって納めるべき所得税等が20万円だった場合、

20万円 × 5％

＝1万円

が基本的な計算になります。

また、別の年分で納付すべき所得税等が30万円だった場合は、

30万円 × 5％

＝1万5,000円

となります。

ただし、実際には、加算税の計算対象となる税額の端数処理や少額不徴収などの規定があります。

そのため、単純な掛け算の結果と実際に課される加算税額が一致しない場合があります。

また、申告義務がなく、納付すべき税額もない場合には、通常、このような無申告加算税は発生しません。

なお、法定申告期限から1か月以内に自主申告し、期限内申告の意思があったと認められるなど一定の要件を満たす場合には、無申告加算税が課されない制度もあります。

ただし、今回のように何年も申告していなかった場合には、この1か月以内の特例は通常利用できません。

重要なのは、税務署から税務調査の事前通知を受ける前に自主的に申告するかどうかで、無申告加算税の負担が変わるという点です。

はい。無申告加算税の割合が変わります。

2023年分以降の所得税について、基本的な取扱いは次のとおりです。

① 税務調査の事前通知前に自主的に申告した場合

原則として5％です。

② 税務調査の事前通知後、調査による決定を予知する前に申告した場合

• 納付税額50万円以下の部分：10％
• 50万円を超え300万円以下の部分：15％
• 300万円を超える部分：25％

③ 調査により決定されることを予知して申告した場合、または税務署から決定を受けた場合

• 納付税額50万円以下の部分：15％
• 50万円を超え300万円以下の部分：20％
• 300万円を超える部分：30％

さらに、2023年分以降については、前年または前々年にも無申告加算税などを課された場合など、一定の繰返し無申告に対する加重措置があります。

また、税務調査で帳簿の提示を求められたにもかかわらず提示できなかった場合や、売上の記載漏れが著しい場合には、一定の要件のもとで加算税が加重される制度もあります。

ただし、3年間申告をしていなかったという事実だけで、必ず加重措置が適用されるわけではありません。

申告した時期、過去の加算税の状況、税務調査の内容などによって判断します。

税務署からの連絡がない現段階で、自主的に過年度の所得を確認し、適正な期限後申告を進めることには、加算税の面でも実務上のメリットがあります。

重加算税は、単に申告期限を過ぎたことだけを理由として課されるものではありません。

国税通則法第68条では、課税標準や税額の計算の基礎となる事実について、隠蔽または仮装があった場合の重加算税を規定しています。

例えば、架空の経費を計上するために領収書を偽造したり、実際の売上を隠すために帳簿を改ざんしたりした場合などです。

無申告に関する重加算税の基本税率は40％ですが、その適用には法定の要件があります。

単に「確定申告が必要ないと思っていた」という説明だけで、無申告が当然に正当化されるわけではありません。

一方、無申告だったという事実だけで、直ちに隠蔽・仮装があったと断定できるわけでもありません。

税務署からの連絡の有無、これまでの取引実態、帳簿や資料の状況、申告しなかった経緯などを確認する必要があります。

したがって、申告していなかった事実をそのまま説明し、客観資料に基づいて適正な申告を行うことが重要です。

延滞税は、原則として法定納期限の翌日から本税を完納する日までの期間に応じて計算します。

そのため、2023年分と2025年分では、申告期限が異なることから、延滞税の対象となる期間も異なります。

また、延滞税率は年によって変動します。

例えば、国税庁が公表している2026年中の延滞税率は、適用期間に応じて年2.8％または年9.1％です。

ただし、これらの割合を申告期限から納付日までの全期間に一律に掛けるわけではありません。

延滞税の計算では、法定納期限、期限後申告書の提出日、実際の納付日、各年の延滞税率などを確認する必要があります。

2023年分の税金については、2024年・2025年・2026年の各期間に対応する税率を確認することになります。

また、無申告加算税に対して、さらに延滞税を計算するわけではありません。

延滞税は本税を基礎として計算されます。

なお、延滞税額が1,000円未満となる場合には、原則として納付を要しない取扱いがあります。

最終的な延滞税額は、各年分の本税額と実際の納付日が決まってから計算することになります。

青色申告については、青色申告承認申請書を提出していたかどうかが重要です。

青色申告を適用するためには、原則として、その年の3月15日までに承認申請書を提出する必要があります。

その年の1月16日以後に新たに事業を開始した場合には、原則として開業日から2か月以内が申請期限です。

したがって、2023年から事業を開始したものの、これまで青色申告承認申請書を提出していなかった場合には、原則として過去分にさかのぼって青色申告を適用することはできません。

この場合、原則として白色申告で過年度の申告を行うことになります。

一方、当時すでに青色申告の承認を受けていた場合は、承認の有効性や帳簿の状況などを確認します。

ただし、65万円控除と55万円控除は、原則として期限内申告が要件です。

そのため、期限後申告では、通常これらの控除を受けることができません。

青色申告の承認が有効で、ほかの要件を満たしている場合には、10万円の青色申告特別控除を適用できる余地があります。

なお、3年間申告していなかった場合には、青色申告の承認が取り消されていないかも確認が必要です。

また、現在が2026年11月であれば、2026年分から新たに青色申告を始めるための通常の申請期限はすでに過ぎています。

2027年分から青色申告を始めたい場合には、原則として2027年3月15日までに承認申請書を提出する必要があります。

過去分の申告を整理することと、今後の青色申告の手続きを整えることは、並行して進めるのがよいでしょう。

なお、確定申告の期限と青色申告特別控除については、関連記事「確定申告が1日遅れたら65万円控除は使えない？体調不良時の期限延長も解説」でも詳しく説明しています。

所得税の確定申告義務がない年については、必ずしも所得税の期限後申告を行う必要はありません。

ただし、所得税の申告義務がないことと、ほかの申告や手続きも一切不要であることは別です。

特に、個人住民税について注意が必要です。

所得税の確定申告義務がない場合でも、市区町村に対する住民税申告が必要になることがあります。

また、国民健康保険に加入している場合には、所得情報が保険料・保険税の計算や軽減判定に影響する可能性があります。

例えば、所得が少なく所得税が0円だったとしても、自治体に所得情報が登録されていないと、国民健康保険料の軽減判定などに影響することがあります。

逆に、過去の所得が判明することで、住民税や国民健康保険料が追加で課される場合もあります。

このほか、業種や所得金額によっては、個人事業税の確認が必要になることもあります。

したがって、各年について次の点を確認します。

• 所得税の確定申告義務があったか
• 所得税の還付申告を行う余地があるか
• 住民税の申告が必要か
• 国民健康保険料・国民健康保険税への影響があるか
• 個人事業税の課税関係があるか

所得税が0円だからといって、ほかの手続きまで不要と決めつけないことが重要です。

消費税については、所得税とは別に納税義務を判定します。

個人事業主の場合、原則として前々年の課税売上高が1,000万円以下であれば、消費税の納税義務が免除されます。

また、前年1月1日から6月30日までの特定期間による判定もあります。

今回のように、年間売上高が毎年200万円から300万円程度で、ほかに大きな課税売上がない場合には、通常の売上基準では免税事業者に該当する可能性が高いでしょう。

ただし、次のような場合は別途確認が必要です。

• インボイス発行事業者として登録している
• 消費税課税事業者選択届出書を提出している
• ほかにも課税売上となる事業を行っている
• 事業承継など、特別な納税義務判定に関係する事情がある

特に、2023年10月にインボイス制度が開始されているため、その前後で適格請求書発行事業者の登録をしていないか確認する必要があります。

インボイス登録によって課税事業者となっている場合には、所得税とは別に消費税の確定申告が必要となる可能性があります。

また、要件を満たす場合には、2割特例などの経過措置の適用可否も確認します。

税金の納付が難しい場合には、税務署に相談することが重要です。

期限後申告によって納める所得税等は、原則として申告書を提出した日が納期限になります。

したがって、通常の確定申告のように、提出してから納付まで長い猶予があるわけではありません。

一括納付が難しい場合には、税務署の徴収担当部門に納付方法や納税の猶予について相談することになります。

ただし、税金を自由に分割払いできる権利があるというわけではありません。

納税の猶予制度には要件があり、実際の納付能力、財産の状況、納税計画などによって判断されます。

また、税金を納められないからといって申告を先延ばしにすれば、延滞税が増えるなど、状況が悪化する可能性もあります。

そのため、各年分の税額を計算し、本税・加算税・延滞税の概算を把握したうえで、申告と納税の段取りを考えることが重要です。

基本的には、次の順番で進めます。

① 開業時期と申告対象年分を確認する

まず、実際に仕事を始めた日を確認します。

開業届を提出していなくても、事業を開始して収入を得ていた場合には、申告義務の判定が必要です。

今回であれば、2023年・2024年・2025年について確認します。

② 各年の売上を集計する

通帳、請求書、支払明細、売上記録などを確認し、年分ごとの売上を集計します。

売掛金の計上漏れや、事業用口座と私用口座の間の資金移動を売上として二重計上していないかにも注意します。

③ 各年の必要経費を確認する

領収書、クレジットカード明細、請求書、振込履歴などから経費を整理します。

家事按分、減価償却、棚卸資産などの処理も確認します。

④ 所得控除と源泉徴収税額を確認する

国民年金保険料、国民健康保険料、生命保険料、扶養関係などを確認します。

取引先から報酬の源泉所得税を差し引かれている場合には、その金額も確認します。

源泉徴収税額がある場合、確定申告によって税金が還付される可能性もあります。

⑤ 各年の確定申告義務を判定する

2023年分、2024年分、2025年分のそれぞれについて、適用される基礎控除や税率などを使用して計算します。

申告義務がある年分は、期限後申告書を作成します。

⑥ 申告書を提出する

白色申告の場合には、原則として収支内訳書と確定申告書を作成します。

青色申告の承認が有効であれば、要件に応じて青色申告決算書等を作成します。

提出方法は、対象年分の申告書に対応するe-Taxや書面提出などです。

国税庁の確定申告書等作成コーナーも利用できます。

⑦ 本税の納付と附帯税の確認を行う

申告によって納める税金が発生する場合には、原則として申告書提出日に納付します。

無申告加算税や延滞税についても確認します。

⑧ 2026年分以後の記帳・申告体制を整える

過去分の申告が終わった後も、同じ状態を繰り返さないようにすることが重要です。

銀行口座、クレジットカード、領収書、請求書などを日常的に整理し、2026年分以降の確定申告を期限内に行えるようにします。

必要に応じて、青色申告の承認申請や会計ソフトの導入も検討します。

過去分の申告と、今後の申告を適正に行うための仕組みづくりを合わせて進めることが重要です。

そのとおりです。

今回のポイントを整理します。

• 確定申告の期限を過ぎても、期限後申告は可能
• 過去分を申告する場合は、年分ごとに申告書を作成する
• 年間売上高だけでは確定申告義務は判断できない
• 売上から必要経費を差し引いた所得を計算し、所得控除・税額控除などを確認する
• 2023年・2024年・2025年では、基礎控除などの税制が異なる
• 税務署による更正・決定等の期間制限は原則5年、不正行為がある場合には7年となることがある
• 税務調査の事前通知前に自主的に期限後申告した場合、無申告加算税は原則5％
• 調査通知後や調査による決定を予知した後は、無申告加算税の割合が高くなる場合がある
• 繰返し無申告や帳簿不備による加重措置にも注意する
• 延滞税は法定納期限から納付日までの期間などに応じて計算する
• 無申告という事実だけで、当然に重加算税が課されるわけではない
• 青色申告の承認がなければ、原則として過年度にさかのぼって青色申告を適用できない
• 期限後申告では55万円・65万円の青色申告特別控除は原則として適用できない
• 所得税の申告義務がない年でも、住民税申告が必要な場合がある
• 所得情報は国民健康保険料・国民健康保険税にも影響する可能性がある
• 過去の資料が不足していても、客観資料をもとに取引を復元することが重要

今回のように過去3年分の確定申告をしていなかった場合、最初に行うべきことは、各年の売上・経費・所得を整理し、申告義務があったかどうかを確認することです。

そのうえで、申告が必要な年分については、税務調査の事前通知を受ける前に自主的な期限後申告を進めることが望ましいでしょう。

申告をしていなかった期間が長いからといって、さらに先延ばしにせず、確認できる資料から順番に整理していくことが重要です。